大和三門跡寺院の１つ、中宮寺は聖徳太子の母である穴穂部間人皇女の発願により創建され、その旧地は現在の東方約500ｍ程のところに土壇として残っており、1963年(昭和38年)の発掘調査で南に塔、北に金堂を配した四天王寺式伽藍配置であったことが確認されている。
　 その後、平安時代には寺運衰退し、僅かに草堂一宇と菩薩半跏像を残すのみとなった。鎌倉時代に入り、中興信如比丘尼の尽力により天寿国曼荼羅を法隆寺宝蔵内に発見して取り戻すなど、いくらかの復興を見たものの、往時の盛大さには比すべくなかった。
　旧地では室町時代の瓦が出土しており、その頃までは法灯が続いていたようであるが、度々火災に遭い、法隆寺東院の山内子院に避難し、その後旧地に戻ることは叶わなかった。
　 天文年間(1540年頃)伏見宮親王の皇女尊智女王が入寺し、以来尼門跡として、次第に寺観を整えたのが今の伽藍である。 宗派は、鎌倉時代は法相宗、その後は真言宗泉湧寺派に属し、戦後は法隆寺を総本山とする聖徳宗に属している。